Interacties tussen eiwitten in onze cellen in kaart gebracht

Onderzoekers brengen voor het eerst gedetailleerd alle bedrijvigheid in onze cellen in kaart.

In onze cellen zitten miljoenen eiwitten die op een wisselende manier samenwerken. Soms zijn er verbindingen tussen twee eiwitten, soms werken ze met honderden samen. Tot nu toe remmen geneesmiddelen vaak een enkel eiwit, maar ziekten kunnen wellicht effectiever worden aangepakt door de samenwerking te saboteren.

Dankzij Utrechtse onderzoekers is het nu mogelijk om in menselijke cellen alle interacties tussen alle eiwitten in kaart te brengen. Daardoor kunnen ze nu in detail zien welke eiwitten samenwerken en waar ze elkaar vasthouden. Dat is essentieel om te begrijpen hoe eiwitten in een cel in een gezond lichaam opereren en wat er misgaat bij ziekte.

De techniek om de samenwerking tussen eiwitten in kaart te brengen - cross-linking mass spectrometry – is niet nieuw, maar kon tot nu toe alleen de interacties zichtbaar maken bij een klein aantal gezuiverde eiwitten die in het lab bij elkaar waren gebracht. Door verbeteringen in de massaspectrometrische sequentie analyse en een nieuw zoek-algoritme, kunnen nu in één keer alle verbanden tussen alle eiwitten in de cel bestudeerd worden.

‘We hebben nu ruim 2.000 van die verbanden vastgelegd, terwijl we er voorheen maar tien tot honderd in kaart konden brengen’, vertelt Albert Heck, hoogleraar Biomoleculaire Massaspectrometrie en Proteomics aan de Universiteit Utrecht. (ev)