Virussen uitgevlooid

Een nieuwe methode weet zo goed als elk virus op te sporen en te identificeren in weefselstalen.

Als artsen willen achterhalen welk virus verantwoordelijk is voor een infectie, maken ze doorgaans gebruik van PCR (polymerase-kettingreactie). Die techniek vermenigvuldigt afzonderlijke DNA-fragmentjes tot ze een voldoende groot staal vormen om te bestuderen. Maar de methode werkt alleen als je weet naar wat voor soort virus je op zoek bent, en dat is soms nattevingerwerk.  

Een nieuwe methode maakt een eind aan dat giswerk. VirCapSeq-VERT (virome capture sequencing platform for vertebrate viruses) vindt zo goed als elk virus in het kleinste staaltje speeksel, weefsel of ruggenmergvloeistof. Binnen 48 uur kunnen 21 stalen tegelijk geanalyseerd worden, tegen een geschatte kostprijs per staal van nog geen 200 euro. De techniek herkent ook gemuteerde virussen, als die ten minste voor 40 procent identiek zijn aan bekende varianten. ‘Als iemand op de eerstehulpafdeling een hele resem tests moet laten afnemen, kost dat duizenden dollars’, vertelt de hoofdauteur van de studie, epidemioloog W. Ian Lipkin van Columbia University. ‘Deze methode is erg goedkoop, en maakt maatwerk in de geneeskunde mogelijk: je weet precies wat er met je aan de hand is.’

Het onderzoeksteam legde eerst een databank aan met ruim duizend virussen die bij gewervelden voorkomen. Vervolgens maakten ze een heleboel genprobes (kleine stukjes DNA of RNA waarmee een specifiek DNA- of RNA fragment herkend kan worden, red. ) – twee miljoen stuks, van elk 25 tot 50 nanometer lang. Elk van die kleine stukjes synthetisch DNA kreeg een bepaalde basenvolgorde die correspondeert met een virusvariant. Zo herkent de probe zijn tegenhanger en hecht hij zich eraan vast. Met behulp van magnetische korrels met een diameter van één tot drie micron halen de onderzoekers de virussen uit de stalen.

Een chemische ‘linker’ bindt de korrels aan de genprobe en aan het virus waar die zich aan gehecht heeft. Als het in een buisje in een magneethouder wordt geplaatst, wordt het geheel van korrel, probe en virus tegen de wand aan getrokken, en kan het makkelijk worden geïsoleerd. Om foutpositieve resultaten uit te sluiten, worden de virussen achteraf gesequenced. Lipkin en zijn collega’s zijn nu op zoek naar een commerciële partner die de technologie in ziekenhuizen kan introduceren. Het team wil het project bovendien uitbreiden met probes voor alle bekende besmettelijke bacteriën en schimmels.