Vrijdag zette de Wereldgezondheidsorganisatie een nieuwe zorgwekkende variant op het lijstje: omicron. Wat weten we van die nieuwe variant?
De nieuwe variant of concern (VOC) omicron komt volgens de huidige stand van de genoomanalyses sinds een drietal weken voor. De coronavariant is mogelijk ontstaan in Botswana en Zuid-Afrika. Hij viel op omdat hij zich daar erg snel verspreidde. In de Zuid-Afrikaanse regio Gauteng steeg het aandeel positieve tests in een week van 1% naar 30%, en de grote meerderheid van de besmettingen bleek met de omicronvariant.
Omicron stamt niet af van delta of andere recente zorgwekkende varianten. Op de genetische boom op de Nextstrain website is dat duidelijk te zien aan de lange lijn zonder directe voorouders.
Omicron heeft maar liefst 32 mutaties in de genen die coderen voor het stekeleiwit (ter vergelijking: delta heeft er negen). Grote aantallen mutaties maken een virusvariant niet per se efficiënter, maar veel van omicrons mutaties in het receptorbindingsdomein en het N-terminale domein zijn al bekend van andere zorgwekkende varianten. Ze kunnen een sleutelrol spelen bij de binding van het stekeleiwit aan de menselijke receptor ACE2 en bij de herkenning door antilichamen.
Enkele belangrijke mutaties die bij omicron zijn vastgesteld, zorgen er onder meer voor dat de overdraagbaarheid en de virale lading hoger zijn en het virus het aangeboren immuunsysteem mogelijk makkelijker kan omzeilen.
- De deletie op de posities S:H69- en S:V70, die ook voorkomt in alfa en eta, leidt ertoe dat de zogenaamde S-test, een van de drie merkers in de PCR-tests, negatief is. Dat zorgt ervoor dat omicron makkelijk te herkennen is met de standaard PCR-test. Om uit te sluiten dat het om de alfa-, de eta- of nog een andere variant gaat, moet het staal wel nog verder onderzocht worden.
- Een cluster van mutaties bij de S1S2 furinesplitsingsplaats (S:H655Y, S:N679K, S:P681H) verhoogt de overdraagbaarheid.
- De combinatie van de mutaties S:Q498R en S:N501Y verhoogde in vitro de bindingsaffiniteit met ACE2.
- Een deletie van 3 aminozuren in ORF1a bij ORF1a:L3674, ORF1a:S3675-, en ORF1a:G3676-, die ook voorkomt bij alfa, beta, gamma en lambda, zou mogelijk het aangeboren immuunsysteem helpen omzeilen.
- Van twee mutaties in de eiwitmantel van het virus, N:R203K en N:G204R, is aangetoond dat ze verband houden met een verhoogde virale lading bij besmette personen.
Of de omicronvariant erg ziek maakt, is nog niet zeker, al lijken de meeste Afrikaanse patiënten voorlopig een mild ziektebeeld te hebben. Virologen onderzoeken de mutaties die nog niet bekend waren, om te zien welke invloed ze kunnen hebben op de overdraagbaarheid en het ziekteverloop.
Virologen aan de slag met omicron
Het voordeel van de mutatie die de negatieve S-test geeft (zie kader: Overzicht: de belangrijkste mutaties van omicron), is dat er in de PCR-testresultaten al een eerste snelle screening op omicron kan gebeuren. De deletie komt echter ook in andere varianten voor, dus verdere analyse van het volledige genoom is nodig om zeker te zijn dat het om omicron gaat.
Hoewel mutaties tot gevolg kunnen hebben dat de vaccins minder doeltreffend zijn, is het volgens virologen onwaarschijnlijk dat ze helemaal niet zouden werken tegen deze variant. Omicron dringt nog steeds onze cellen binnen met het stekeleiwit via de ACE2-receptor, en onze antilichamen blijven waarschijnlijk nog steeds delen van het stekeleiwit herkennen. Vaccinproducenten zijn trouwens de efficiëntie van hun vaccins tegen omicron zo snel mogelijk aan het testen.
Omicron is ondertussen ook al opgedoken in Europa, Azië, het Midden-Oosten, Canada en Australië. De Amerikaanse nieuwssite BNO geeft een actueel overzicht van bevestigde en vermoedelijke gevallen. Veel wetenschappers zijn dan ook niet te spreken over de inreisverboden uit Afrikaanse landen die verschillende landen instellen.
De open communicatie van de wetenschappers in Zuid-Afrika en Botswana heeft er immers voor gezorgd dat de omicronvariant onmiddellijk van nabij wordt opgevolgd. ‘De beloning voor goed wetenschappelijk werk en open communicatie is blijkbaar een inreisverbod voor je landgenoten. Dat is niet de manier om onderzoek naar covid aan te moedigen.’
Eerdere belangrijke virusvarianten werden vaak aangeduid met de naam van het land waar ze voor het eerst werden vastgesteld, zoals de Britse en de Braziliaanse variant. Om stigmatisering te voorkomen, besloot de WHO nieuwe belangrijke varianten een Griekse letter te geven, zoals delta. Hoewel de volgende beschikbare letter in het Griekse alfabet ‘nu’ zou zijn, is die letter overgeslagen om verwarring met het Engelse woord ‘new’ te voorkomen. Ook de daaropvolgende letter, ‘xi’, werd overgeslagen omdat ‘xi’ ook een veelvoorkomende Chinese achternaam is.
